莱菔子擅长消食化积、除胀行滞，尤以消面积食滞为特长。凡食积气滞而见嗳腐吞酸，甚至腹胀疼痛者尤为适宜。常配伍山楂、神曲、半夏、陈皮等同用。小儿便秘，用炒莱菔子研极细末，每次取5—9克，加白糖适量冲泡后饮用，较小的婴幼儿可减量拌奶粉或稀饭食用，发挥润下通便的作用，易为小儿接受。
莱菔子味辛能行能散，降气化痰，对肺气不降之咳喘尤为适宜，常与白芥子、紫苏子等配伍。
莱菔子可消除“误服补剂”所出现的一些不良反应。中医认为，人参不能和莱菔子一起服用。人参补气易壅滞，莱菔子顺气易化气，所以药力容易抵消或发生不良反应。
现代研究发现，莱菔子有降压及抗炎作用，对链球菌、葡萄球菌、肺炎球菌、大肠杆菌、痢疾杆菌、伤寒杆菌及多种致病性皮肤真菌均有抑做法用。还可用于治疗骨质增生、湿疹、小儿疳积、子宫功能性出血等病。
抗菌作用。
莱菔子含抗菌物质，其有效成分为莱菔素，在1毫克／毫升浓度对葡萄球菌及大肠杆菌即有显著抑制作用，具可影响各种植物种子发芽。后又从莱菔子中分离出一种油，称为“Sulforaphen”，l％浓度可对抗链球菌，化脓球菌、肺炎球菌，大肠杆菌等生长。有人认为此两者可能是同一物质。
抗真菌作用。
莱菔子水浸剂（1：3）在试管内对同心性毛癣菌等六种皮肤真菌有不同程度的抑制作用。
对胃肠运动的作用。
实验表明：莱菔子生品，和经炒、炙的炮制品能使离体兔肠的收缩幅度增高，但对离体兔肠的紧张性无明显影响；三种制品均能对抗肾上腺素对肠管的抑制作用．莱菔子生品能使豚鼠胃肌条紧张性降低，炒莱菔子和炙莱菔子则使其紧张性先升高后降低．三种制品均能使胃肌条的收缩幅度增高；使胃幽门部环行肌紧张性和收缩幅度增高．炒莱菔子对小鼠小肠有明显的推进作用；三种制剂对小鼠胃排空均有抑制作用。
降压作用。
莱菔子水-醇提取液给猫和犬静脉注射，有非常明显的降压作用；浸膏给兔灌胃和肾型高血压大鼠灌胃，亦有显著的降压作用．有报告认为，莱菔子的降压作用与交感神经无关，大量阿托品或切断两侧迷走神经不能阻断莱菔子的降压作用，其降压机制与M-胆碱反应关系不大；普鲁卡因可减弱莱菔子的降压幅度，提示血管内感受器可能与莱菔子的药理作用有关．实验证明：莱菔子对肠管平滑肌有松弛作用， 并增加狗肢体血流量，说明其有扩张血管作用；椎动脉给药对兔、猫有降压作用．因此可以认为该药除对血管的直接扩张作用而引起降压外，并能部分地通过中枢神经系统发挥其降压作用．亦有实验表明： 莱菔子注射液对兔急性缺氧性肺动脉高压和体动脉压有明显降低作用；增大莱菔子剂量，可使其降肺、体动脉压强度加大，与酚妥拉明相比，莱菔子能明显延长降压时间。
鉴别应用。
莱菔子和白芥子，两者均善于消痰以冶痰喘咳嗽。然前者性质和缓，专走脏腑，重在调肺，胃、大肠之气机，以除胀满，消食积，寒痰热痰均可用之；后者辛温燥烈，主走经络，利气机豁痰结，善长治皮里膜外之痰，且只宜寒痰喘咳，热痰当忌之。
其它作用。
变种Raphanus sativum L.var major 的提取物，长期饲喂大鼠，能干扰甲状腺素的合成［注射 I131后，甲状腺中碘酪胺（Iodotyvamine）的含量低于对照组］。